La historia relata como, en algún lugar distante en el universo, la sociedad humana se ha establecido en las 12 colonias de Kobol, fundadas en 12 planetas y representadas por los signos del zodiaco: Aerelon (Aries), Aquaria (Acuario), Canceron (Cancer), Caprica (Capricornio), Gemenon (Geminis), Leonis (Leo), Libra (Libra), Picon (Piscis), Sagittaron (Sagitario), Scorpion (Escorpio), Tauron (Tauro), Virgon (Virgo). Existe, también, una decimo-tercera colonia que marchó a un planeta lejano llamado Tierra, pero de eso hace ya tanto tiempo que muchos piensan que se trata tan solo de una leyenda.

Esta humanidad creó hace muchos años una raza de maquinas llamadas cylons, para su servicio, pero estos robots, dotados de inteligencia, se rebelaron contra sus creadores provocando una guerra entre humanos y cylons, que acabó en un armisticio, por el cual, se establecia la paz entre ambos y la raza cylon se iría de las doce colonias a buscar su propio lugar en el universo. Se estableció también un lugar neutral donde hombres y cylons se reunirían una vez al año para confirmar la paz entre las razas, pero los cylons nunca acudieron a aquellos encuentros.

Cuatro decadas después todo forma parte del pasado y del recuerdo, la nave Estrella de Combate "Galactica", que combatió valientemente en la guerra cylon a las ordenes del Capitán Adama se ha quedado obsoleta y se prepara para su retirada, convirtiéndose en un museo volante en el que rememorar las glorias del pasado.

Pero los cylons acuden esta vez al encuentro, aunque no han venido para firmar la paz, sino para recuperar las colonias y establecerse en ellas, por encima de los humanos. Los cylons han evolucionado, ya no son las máquinas robóticas que los humanos crearon, ahora han añadido una componente biológica a su ser, lo que les da apariencia humana. Han creado 12 modelos distintos, de los que existen muchas copias.

Con la ayuda de un científico humano e incauto, Gaius Baltar, los cylon llevan a cabo un ataque nuclear coordinado a todas las colonias, devastando así los planetas y exterminando las poblaciones. La única nave que no ha sido inutilizada por los cylon es la vieja "Galactica" que posee una tecnología informática básica que los cylon no pueden dañar, en esta nave y en otras pocas naves civiles los pocos miles de supervivientes del ataque comienzan su exodo a través del espacio. Con las colonias destruidas e invadidas por las "tostadoras" los humanos van en busca de la mítica Tierra, huyendo de los ataques de los cylon que los perseguiran sin descanso para exterminar la raza.

La serie resulta brillante en sí misma, la trama argumental es, de por si, fantástica, a lo que se añaden otras líneas argumentales que la complementan y enriquecen, tanto humanos como cylon no son blanco o negro, en ocasiones los humanos se comportan como máquinas y las máquinas como humanos, lejos de una visión de buenos y malos en blanco y negro, encontramos un montón de personajes llenos de luces y sombras que les hacen humanos e inhumanos.

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